巴丹吉林的东南部沙山间分布有许多内陆小湖(俗称海子),约有144个,单个海子面积1-1.5平方公里,最深处可达6.2米。海子多为咸水,不能饮用。湖周围植物生长茂密,多为湿性、盐生等类型,常以湖水为中心与周围沙丘呈同心圆状分布。接近沙丘的地段出现以沙生植物为主的固定、半固定沙堆。海子周围常为牧场及居民点.

    丹吉林沙漠地区属大陆性气候,年降水量50-60毫米,年均温度7-8摄氏度,绝对最低温度零下37至零下30摄氏度,绝对最高温度37-41摄氏度,沙面最高温度可达70-80摄氏度,年均风速4米/秒,八级大风日30天左右,主要是西北风。沙丘上植物较少,仅于沙丘下部或丘间低地生长有稀疏的灌木、半灌木,沙漠中除梭梭林外主要生长有沙枣拐、沙竹、霸王、目蓼、沙蒿、怪柳、沙葱等。盖度5%左右,在沙山与湖泊间常出现有白刺沙堆。

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