根据《泛珠三角区域合作框架协议》，为保证有效开展合作，拓展合作渠道，泛珠三角区域合作依照以下合作协调机制运行推进。
（一）内地省长、自治区主席和港澳行政首长联席会议制度。每年举行一次会议，研究决定区域合作重大事宜，协调推进区域合作。（行政首长联席会议制度）
泛珠三角区域合作行政首长联席会议秘书处在行政首长联席会议下设立，设1名秘书长、2名常务副秘书长和若干名副秘书长。秘书处执行行政首长联席会议的决定，负责协调秘书长协调制度、各成员方日常工作办公室、部门衔接的落实和制度运作，起草、报送、印发区域合作有关文件等。秘书处设在广东省。（泛珠三角区域合作行政首长联席会议秘书处工作制度）
（二）港澳相应人员参加的政府秘书长协调制度。协调推进合作事项的进展，组织有关单位联合编制推进合作发展的专题计划，并向年度行政首长联席会议提交区域合作进展情况报告和建议。（政府秘书长协调制度）
（三）各成员方设立日常工作办公室，负责区域合作日常工作。九省（区）区域合作的日常工作办公室设在发展改革委（厅），香港、澳门特别行政区由特区政府确定相应部门负责。（日常工作办公室工作制度）
（四）建立部门衔接落实制度。各方责成有关主管部门加强相互间的协商与衔接落实，对具体合作项目及相关事宜提出工作措施，制订详细的合作协议、计划，落实本协议提出的合作事项。（部门衔接落实制度）
