4月5日，东航方面发表声明称，东航正在对3月31日航班返航的原因进行调查，如证实确因人为因素故意返航，东航将依法依纪严肃处理。对于此事件给旅客带来的诸多不便，东航表示诚挚的歉意。
东航声明中提到，“在事发之后和开展调查之前，我们接到运行控制部门和当日返航机组的报告，返航原因是天气不够落地标准。依据运行规章，我们如实向媒体发布了消息。对于社会各界和媒体对‘天气原因导致返航’存有质疑，我们高度重视并正在开展调查工作，将收集包括航路和机场天气实况的数据。如证实确因机组人员人为因素故意返航的，我们将视情依法依纪严肃处理。”
此外，记者从东航云南分公司了解到，因航班延误遭受损失的旅客可将登机牌、姓名等信息提供给公司，经核实后，可依据票价获得相应赔偿。
民航局：派出工作组进行调查
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中国民用航空局4月5日派出工作组，对东航航班不正常原因进行详细调查。这是民航局首次对东航云南分公司航班返航事件作出回应。
中国民航局有关负责人4月5日对新华社记者说，3月31日，中国民航局得知中国东方航空公司云南分公司航班不正常、造成旅客滞留机场的情况后，高度重视，民航局领导亲自部署，责成民航西南管理局具体协调处理，要求相关单位采取有力措施，确保航空公司正常运营。4月1日下午，所有航班恢复正常，积压旅客疏散完毕。
这位负责人指出，云南地处云贵高原，进入春季，区域内常见大风、颠簸、扰流、风切变等影响飞行的天气现象。4月4日晚上，民航局进行研究后决定，民航云南监管办封存所有返航航班资料、目的地机场天气实况，以及相关飞行数据。民航局派出的工作组将对返航原因进行详细调查。
民航局这位负责人表示，将坚定不移地维护消费者的合法权益，维护行业的健康发展，确保飞行安全。他强调，如果发现飞行员有故意延误航班等有悖职业道德的行为，将责成有关方面视情依法依纪对当事人作出严肃处理。
旅客：将用法律手段维权
3月31日当天，东航云南公司从昆明飞往大理、丽江、西双版纳等六地的14个航班在飞到目的地上空后，乘客被告知“无法降落”，航班又全都飞回昆明。旅客对航空公司“因天气原因无法降落”的说法提出质疑。
乘客郑先生于3月31日乘坐东航云南分公司MU5805航班从丽江飞往昆明，因飞机未到，郑先生延误了近20个小时，一直等到4月1号凌晨3点才登上回昆明的航班。郑先生说，当时有工作人员称航班因天气原因延误。但这期间有乘客发现，不少飞机在仍正常起降，包括国航、南航等航空公司的飞机。
4月3日，东航宣传部门对外宣称，飞机返航是因为天气原因。而中央气象台的专家在接受采访时表示，当天的天气正常。专家说，从3月31号8点到4月1号8点的24小时之内，云南除了西部有一些小雨以外,大部地区没有降水。像丽江、昆明等地方就是滴雨未降，大多数情况下是以低云为主，不影响任何飞行。
据了解，当天在昆明、丽江、大理等六个城市之间的相同航线上，除东航航班外，其他航空公司的所有航班都没有发生返航。东航飞机集体返航事件引起了各界关注，目前，部分旅客已表示，将通过法律手段维护自己的权益。
